mtDNA linjoista

[Juha]

Kirjoittelin huvikseni TÄNNE (https://juhansuku.blogspot.com/2021/12/pohdiskelua-aitilinja-eli-mtdna.html) siitä, miksi mtDNA testin jälkeen ei välttämättä tule kovin läheisiä osumia yhdestä tietystä syystä.

[ejl]

Joo, vaihtelu on hurjaa. Maria Matintytär Laukkariselta (s. 1727) löytyy 45 elävää testattavissa olevaa jälkeläistä.

https://www.geni.com/people/Maria-Laukkarinen/6000000078877731094?through=6000000071796047897#/tab/dna

[Antti Järvenpää]

Tuota voisi varmaankin simuloida sukupolvi sukupolvelta, jolloin äitilinjan selviytymis mahdollisuus olisi kaiketi S1 x S2 x S3X ...... Sn, jossa S olisi satunnaisluku 0-1 välillä. Tuota kun simuloi kymmeniä tuhansia kertoja, niin tulokseksi tulee kaiketi eksponentiaalinen käyrä. Äitilinja kaiketi sammuu noin 1/4 osassa kaikkia tapauksia ja sitten niitä, että olisi yksi äitilinjan jatkaja on eniten, mutta niitä voi olla useita satojakin 10 sukupolvessa, riippuen paljonko jälkeläisiä elää aikuisiksi.

Tavallaanhan kyse on siitä, että kun kaikilla on isä- ja äitilinja, niin silloin on monia sellaisia, joilla on sama äitilinja, mutta on myös sellaisia, jotka ovat ainoita tai harvoja äitilinjan edustajia.

[Antti Järvenpää]

Laskin hiukan miten tuo äitilinjan haplo käyttäytyisi numeerisesti. Toivottavasti laskelma meni oikein. Eli on laskettu siten kuin edellisessä viestissä on kirjoitettu. Olen siis simuloinut satunnaisluvuilla 10 sukupolvea ja olettanut kymmenen sukupolven käsittävät 20.000 naista. Eli jokaisessa sukupolvessa olisi keskimäärin 3 naista. Tämä siis on yksinkertaistettu ja keskimääräinen malli. Jos haluttaisiin silmulloida tarkasti, olisi lapsi luvun annettava vaihdella vaikkapa 0 -15 välillä ja sitten antaa satunnaisuuden valita paljonko olisi tyttälapsia ja paljonko niistä säilyisi hengissä taysi ikäiseksi. Eli siis tekemäni malli sisältää paljon yksinkertiastuksia, mutta logiikka lienee oikein.

Simulointi kierroksia olen tehnyt 10.000 kertaa ja sitten laskenut, montako äitilinjan kantajaa on 10 sukupolvessa jos siinä on naisia 20.000. 3 tyttöä sukupolvessa varmaankin voisi olla aika lähellä oikeaa aina 1900-luvun puoliväliin asti.

Oli niin tai näin, niin malli antaa mielenkiintoisen tuloksen sen suhteen, että kun tutkimme nykyisin esiintyviä äitilinjoja. Kuvion pohjalta voisi sanoa, että nykyisin havaittavien äitilinjojen yleisyydellä ei voida paljoakaan päätellä siitä, mitkä äitilinjat olivat yleisiä 10 sukupolvea sitten, koska sattuma voi tuottaa jonkin haplon kantajia vallattoman paljon yhdestä yhteisestä esiäidistä. Tämä on mielenkiintoinen asia, jota pitäisi makustella kunnolla.

Laitan kuvan oheen.

[ejl]

Oliko alkupopulaatio kuinka suuri? Yksi ?


V. 1700 Suomen väkiluku 580 000 (Wikipedia)
v. 2000 Suomen väkiluku 5 000 000

Kymmenessä sukupolvessa Suomen väestö on vain n. 10 kertaistunut. (1,3X / sukupolvi)

Taipuuko laskentamalli tähän realismiin?

[Antti Järvenpää]

Simuloinnissa on yksi esiäiti, jonka äitilinjaa kantavia jälkeläisiä simuloidaan satunnaisesti. Simuloinnilla haetan numeerista todennäköisyys jakaumaa, joten sillä ei ole yhtymäkohtia reaalitodellisuuteen esim. esivanhempien kadon suhteen. Mitä suuremman määrän simuloi, sitä lähemmäksi teoreettisesti oikeata käyrää päästään. Uskoisin, että tuo kuva on aika lähellä totuutta, vaikkakin sen voisi tehdä paremminkin.