Arkistonäkymässä ei tällä hetkellä lainaus erotu varsinaisesta viestistä. Suosittelemme että vilkaisette ns. täydellistä versiota: : Excel taulukko yhteisistä dna pätkistä helpottamaan sukuyhteyksien löytymistä
Isälläni on samassa 9. kromosomin kohdassa 5 eri henkilön kanssa yhteinen pitkähkö dna pätkä.
Tukholman saaristossa kolmella ruotsalaisella dna serkulla yhdistävä henkilö on heidän isoisä/isoisän isä. Samassa kohdassa on yhteys Turun saaristoon, kaksi suomalaista, joita yhdistää isoisä, eri ihminen kuin Tukholman isoisä/isoisän isä.
Jos ja kun muita yhdistäviä henkilöitä ei löydy, niin voi esittää oletuksen, että isääni ja tuota 5 ryhmää yhdistävä henkilö on liikkunut Itämeren alueella ennen em. kahta isoisää.
Joidenkin dna kohtien kohdalle voin jo laittaa melko varman arvauksen mistä yhteys tulee. Parhaimpiin kaksi, isän ja äidin puolelta eri paikkakunnat. Useat kohdat ovat vuosikausien työstä huolimatta epäselviä, yhteys tulee liian kaukaa.
Tädilläni on dna serkkuina kolme henkilöä, joita yhdistää 1700 -luvulla elänyt henkilö. Pitkää yhteistä dna pätkää ei tuolla nelikolla ole, mutta sukuyhteys voi silti olla, koska ko henkilöltä on voinut periytyä kaikille eri pätkät.
Suurimpana vaikeutena yhteyden varmistamiseen ovat epätäydelliset sukupuut: muiden mahdollisten yhteyksien etsiminen ei onnistu. Muu yhteys ei tietenkään sulje pois ensin löydettyä yhteyttä. Usein tuntuu, että kaukaisemmat dna serkut ovat yhdistelmä useita yhteyksiä.
https://suku.genealogia.fi/attachment.php?attachmentid=4794&stc=1&d=1608355037
(Excel muotoista liitettä ei voi lähettää)
Kromosomin 1 kohta 220-240 milj näyttää tältä (nimet lyhennetty etukirjaimiksi tietosuojan takia). Ylimpänä on henkilö, jolla ko kohdassa pisin dna pätkä. Hän lienee todennäköisin henkilö löytää sukulaisuus. Henkilöt lajiteltu pätkien mukaan. Alimpana on arvailu siitä minkä esi-isän tai äidin geeneistä on kyse, paikkakunta riittää, koska henkilön tarkkuudella ei voi sanoa. Henkilöitä, joilla ei ole kohtuu hyvää sukupuuta, ei kannata luetteloida. Kun aloin taulukon teon, otin mukaan vain henkilöitä, joiden yhteinen pisin dna pätkä on yli 10cM, työn helpottamiseksi. Sittemmin en ole rajannut tarkasti:
J N 231-240
A A 232-240
A S 234-240
H A 237-240
E H 227-240
N B 234-239
C G 232-238
A S 234-238
R L 234-238
S P 234-238
M N 234-238
Isän suku: Karjaa
Äidin suku: Savo, Sormunen vai Tyrkkö ??
Rannan Esko
11.01.21, 13:00
On tuohon hommaan olemassa myös varsin helppokäyttöinen DNA Painter: https://dnapainter.com/help#intro-wheretostart
Mitä on tutkimuksissasi selvinnyt ja mikä työkalu on osoittautunut parhaaksi?
(Katsoin linkkisi, siellä näytti olevan kaikenlaista ja en ihan päässyt jyvälle...)
Rannan Esko
13.01.21, 21:56
Koska lähin esipolvistani puuttuva henkilö on niinkin kaukainen kuin iäääi, en kohdenna tutkimistani tiettyihin sukuhaaroihin (mihin tuo DNA Painter kyllä sopii hyvinkin). Niinpä löytöni ovat tavallisesta poikkeavia. Parhaimmasta päästä löytöjäni omasta mielestäni on ollut "ruosalaissegmentin" paikallistaminen yhdestä kromosomistani; sellaisen jossa minuun osuu lähes yksinomaan ruotsalaisia.
Paras tuokalu autosomaaliosumien tutkimisessa on itselleni ollut tietokanta (aluksi Oracle XE, sittemmin SQLite), jossa pystyn tekemään hyvin monenlaisia tietokantahakuja Family Finderin osuma- ja segmenttidataan. Mikä nyt milloinkin sattuu kiinnostamaan. (Vaikkapa "Näytä järjestyksessä yleisimmin esiintyvästä alkaen päällekkäiset segmentit niillä, joilla on on sukunimilistansa paikkakunnissa mainittuna paikkakunta Ilmajoki ja joiden sukunimi päättyy -la tai -lä.")
Taulukkolaskenta (minulla LibreOffice Calc, Ubuntu-linuxissa) kuuluu kyllä minullakin ihan normityökaluihin, mutta ei se tietokannalle monipuolisuudessaan pärjää.
Kukahan pitäisi pikakurssin tuon SQLiten käytöstä?
Ihan eka kysymys: mikä versio download sivulta?
https://www.sqlite.org/download.html
(mulla ihan normi muutaman vuoden ikäinen HP läppäri)
Rannan Esko
14.01.21, 17:37
Löytyyhän noita asennusohjeita googlettamalla, esim: https://www.configserverfirewall.com/windows-10/install-sqlite3-on-windows-10/
Ennen SQL-kyselyiden kirjoittamistakin on jonkun verran (tai paljon?) duunia. Ei ole ihan triviaali homma miten datoista tehdään SQLite-tietokanta. Olen itse käyttänyt siihen erään tuttavani Perl-skripteistä yhteen koostamaani skriptiä. Lisäksi on hyvä asentaa joku tietokantakehitykseen soveltuva kehitysympäristö, jottei joudu kyselyjä ihan komentoriviltä ajamaan.
Facebook-ryhmä "DNA.koodaus" on itselleni ollut avuksi näissä, mutta ei sielläkään nykyisin aktiviteettia ole SQL-kyselyiden suhteen, kun en itsekään jaksa sinne postailla. Ei näitä juuri kukaan harrasta.
Välillä SQLiten suorituskyky ei riitä kompleksisten kyselyjen suorittamiseen, eli ei se aina pysty toimittamaan sitä tietoa mitä haluan.
Näiden pätkien tulkinta on sitten ihan oma juttunsa.
Kromosomissa 14 on minulla kohdassa 81-90 milj. neljä dna serkkua, joiden sukupuussa on (Tihlman suvun edeltäjä) Dalekarlus suku.
Jotta varmistuisi, että olenko Dalekarlus sukua vai onko sukuyhteys Dalekarluksen esipolvissa, niin sen selvittämiseksi tarvitaan jo melkomoista salapoliisityötä.
Genin mukaan Dalekarluksen esi-isissä on esim Svinhufvud sukua. Jos ko kohtaan tulisi joku Svinhufvud suvun vesa dna serkuksi, niin yhdteisen dna pätkän pituus voisi tuoda pientä, muttei isoa, selvyyttä.
Markku Pelttari
06.07.22, 07:51
Jos sattuu olemaan MyHeritagen käyttäjä ja serkkutestin tulokset ovat siellä, on käytettävissä DNA-tulosten ryhmittelyohjelma (AutoClusters), joka kätevästi ryhmittelee DNA-osumat. Tosin ei kaikkia osumia, vaan esim. minun tapauksessani sellaiset, joissa yhteistä perimää on yli 85 cM. Näitä löytyy tässä tapauksessa 105 kpl. En ole tutkinut, millä perusteella ohjelma rajaa mukaan tulevat osumat.
Jos sattuu olemaan MyHeritagen käyttäjä ja serkkutestin tulokset ovat siellä, on käytettävissä DNA-tulosten ryhmittelyohjelma (AutoClusters), joka kätevästi ryhmittelee DNA-osumat. Tosin ei kaikkia osumia, vaan esim. minun tapauksessani sellaiset, joissa yhteistä perimää on yli 85 cM. Näitä löytyy tässä tapauksessa 105 kpl. En ole tutkinut, millä perusteella ohjelma rajaa mukaan tulevat osumat.
Mielestäni klusterointi ominaisuus ryhmittää dna serkkuja yhteisen dna:n mukaan, mutta ei mitenkään erottele isän ja äidi puolelta tulevaa.
Tästä syystä tämä klusterointi ominaisuus ei vastaa tarpeeseen, jos pyritään löytämään oma hukassa oleva esivanhempi.
Pitäisi olla aplikaatio, joka yhdistää sukupuutiedon ja yhteiset geenipätkät.
Kyllähän se hyvin vastaa tarpeeseen, koska jokainen klusteri on helposti selvitettävissä puoleen tai toiseen.
Juha
Markku Pelttari
10.02.23, 09:57
Päräytin tuosta uuden autoklustertaulukon tulemaan. Tuli 100 osumaa jaettuna viiteen klusteriin, joista suurimmassa 74 osumaa. Mielenkiintoista on se, että kaikki osumat ovat äitini puolelta. Serkkutestin osumistakin on toki n. 80 % äitini puolelta sukua. Lieneekö yhtenä selityksenä Peräpohjola-Lappi taustaisten suurempi innokkuus selvittää juuriaan kuin isäni puolen Pirkanmaa-Häme ihmisten?
Oli miten oli, ongelmana selvityksissä on geeninpätkien satunnainen periytyminen. Jonkin osuman kanssa saattaa olla pitkäkin yhteinen pätkä, mutta tämän osuman sisaruksen kanssa aivan toinen yhteinen osa. Tähän asiaan ei mistään taulukoista taida olla apua. Kromosomiselainta käyttämällä ilmeisesti manuaalisestikin voi saada tuloksia aikaan.
Kyllähän se hyvin vastaa tarpeeseen, koska jokainen klusteri on helposti selvitettävissä puoleen tai toiseen.
Juha
Paitsi että jos etsii jotakuta vähänkään kauempaa, niin homma mutkistuu.
Esim. isäni isoimmassa klusterissa on yksi varma sukulainen, herra X.
Herra X on tiedettyä sukua isäni isän puolelta.
Jos:
a) herran X:llä on sukua mummuni suvun seuduilta ja/tai
b) vaarilla on sukua äidin puolelta samasta suunnasta (pitäjästä) kuin mummulla
niin silloin herra X:n kanssa samassa isäni dna klusterissa olevien osalta ei tiedetä kumpiako edustavat, vaarin vai mummun perimää.
vBulletin® v3.8.11, Copyright ©2000-2024, vBulletin Solutions Inc.