Uusia tuulia DNA-sukututkimuksessa

[ilkant]

Haluan kertoa uusista "keksinnöistä" suomalaisessa DNA-sukututkimuksessa. Ensinnäkin olen itse perustanut DNA.koodaus ryhmän FaceBookiin. Siellä on keskusteltu koodauksellisista asioista ja vähän siihen liittyvistä muistakin asioista.

Uusia asioita:

- FTDNA mätsit saa tietokantaan helpolla pulauttimella. Tietokantana voi käyttää yksinkertaista SQLite-tietokantaa ja käyttö Linuxissa on äärimmäisen helppoa. Sinne voi viedä ff-mätsit, y-dna mätsit ja mt-dna mätsit. Sen jälkeen voi tehdä monipuolisia SQL-kyselyjä mätseihin. Esimerkkinä mätsien haploryhmien prosentuaaliset osuudet niiltä, jotka ovat tehneet ao. testit. Ja paljon muuta. Itse tein noiden avulla kaaviokuvan mt-dna mätsien mutaatiokaavion, josta voi olla apua uusien mt-dna haploryhmien muodostamisessa.

- Big Y -tiedot SQL-tietokantaan

- Google Fusionin käyttö mätsien visualisointiin maantieteellisesti ja muutenkin. Tämä oli varsinaisesti syy kirjoittaa viesti tänne. Systeemi osaa piirtää kartalle väriläiskiä, joissa on esivanhemmat asuneet. Jotain suunnilleen noin. Varsin hyvä etsintäapuväline tapauksissa, joissa esim. isä on tuntematon. Lisäksi pallukkakuvioita paikkakunnittain mätseistä. Laittaisin tännne esimerkkejä, jos kuvia voisi lisätä.

- Muutakin pientä on kehitelty.

Kuvia voi käydä katsomassa Suomi DNA ryhmästä Facebookissa.

[Juha]

Kyllä tänne forumille voi lähettää kuvia.

Toiminto löytyy tämän ruudun alta (kun olet siis kirjoittamassa viestiä) kohdasta "lisää tiedostoja"



Juha

[ilkant]

Tässä on kaksi kuvaa. Niitä voi muotoilla ja säädellä Google Fusionissa ja kuvista saa melko erilaisia.

Ensimmäisessä kuvassa on suomeksi sanottuna suunilleen ne alueet, joilla esivanhempia voi löytyä (mätsien perusteella). Toisessa kuvassa on pallukoilla paikkakunnat, joilla on mätsipareja. Ihan nuo eivät ole niitä paikkakuntia, joilla minulla on esivanhempia. Mutta tulokset ovat autosomaali dna:n mätsien sukunimistä ja paikoista kerättyjä tietoja. Minulla menee kyllä tuonne Etelä-Pohjanmaalle sekä isän että äidin puolelta dna-yhteyksiä. Tämän kerron ihan sen takia, ettei kukaan luottaisi sokeasti ilman kritiikkiä jonkun palvelun tuloksiin.

Tuollaisia kuvia voi tehdä ilmaiseksi kun on ensin tilannut FTDNA (http://www.familytreedna.com/)lta Family Finder testin, joka on nyt tarjouksessa $ 59 + pk. Toki testin tuloksista on paljon muutakin hyötyä. :)

[Miisamaija]

Tässä voisi esittää toivomuksen, että esivanhempien nimiä ja paikkakuntia liitettäisiin FF-tietoihin. Listattaisiin yksittäin tyyliin Kontti Jämijärvi, Laatu Parkano ja laitettaisiin todellinen asuinpaikka ei seurakunta. Ei siis esim. Parkanoa Ikaaliseksi jossain vaiheessa olleen Ikaalisten seurakunnan mukaan (näkyy tätäkin). Todennäköisesti esim. Ikaalinen on yliedustettuna paikkakuntana materiaalissa juuri tämän vuoksi. Korjatkaa, jos olen väärässä.

Joka tapauksessa Suomi DNA-projektin FB:ssa olleiden ohjeiden avulla sai hienot kuvat aikaiseksi. :)

[Fishersson]

Suurkiitos kehittäjille. Karttasovellus tuo tosi paljon kaivattua lisää FF-osumien analysointiin. Vielä kun filtteröi osumat siten, että ottaa ensin lähimmät (close) ja sitten kaukaisimmat (speculative) saa mielenkiintoiset karttakuvat, joissa on myös järkeä. Verkosto-graaffi (eli ns. pallukka-viiva-kuva) antaa vielä lisäinformaatiota. Hieno juttu!

Eniten saa hyötyä, jos on tutkinut sukujuurensa perinteisellä tavalla ja laittanut olennaiset tiedot myös FTDNA-profiilitietoihinsa ja tehnyt sukupuunsa sinne. Täydentäkää hyvät ihmiset sukutietojanne!

[Julle]

< Haluan kertoa uusista "keksinnöistä" suomalaisessa DNA-sukututkimuksessa. Ensinnäkin olen itse perustanut DNA.koodaus ryhmän FaceBookiin. Siellä on keskusteltu koodauksellisista asioista ja vähän siihen liittyvistä muistakin asioista. >

Kiva, että Suomessakin aletaan heräämään osallistavaan luovaan kehittämiseen!
Onkohan siellä käynyt uusien tuulien sijaan jo myrsky tai heikko signaali, että olisi sivunnut Wolframin kestävää pohjaa koodaukselle ja sen rakenteille sekä DNA-tutkimukselle.

Ainakin vähän tunnetussa "Susi-kielessä", joka tullee syömään vanhat, on paljon opittavaa perinteisen ohjelmointikielten ja algoritmien taitajille!
http://www.wolfram.com/language/

Tutustumisiin

[Fishersson]

Vielä olisin halunnut kysyä kehittäjiltä, että mitkä asiat FF-osumissa vaikuttavat karttasovelluksessa? Varmaankin vain sellaiset osumat ovat mukana, jotka ovat kertoneet sukujuuristaan ja esivanhempiensa paikkakunnista, vai mitä?

[ilkant]

Minulla on ollut kiinnostukset javassa, jolla olen väsännyt erilaisia mätsilistojen käsittelyohjelmia. Nyt totean, että SQL tekee asioita helpommin. :D:

Tuon matches2fusion keksijän Esko Rannan ja toiseksi toteuttajan Mikko Pikarisen voi tavata Facebookin ryhmässä tai Suomi dna -ryhmässä.

[Julle]

< Minulla on ollut kiinnostukset javassa, jolla olen väsännyt erilaisia mätsilistojen käsittelyohjelmia. Nyt totean, että SQL tekee asioita helpommin. :D:

Tuon matches2fusion keksijän Esko Rannan ja toiseksi toteuttajan Mikko Pikarisen voi tavata Facebookin ryhmässä tai Suomi dna -ryhmässä. >

Ymmärrän.

Tarkoitat varmaan SQL:n yhtäläisyysliitosta, joka on yhdistelmä ristitulosta ja valinnasta ja sillä voidaan koota yhteen toisiinsa liittyviä monikoita kahdesta relaatiosta. Käytännössä verrataan yleensä toisen relaation pääavainta toisen relaation viiteavaimeen. Ja sitten on oltava tarkkana, että menee oikein päin!

SQL-käyttäjän kannattaa tutustua hyvin relaatioalgebraan, niin ymmärtää yleisimmin käytetyt operaatiot valinta (selection), projektio (projection) ja liitos (join). Relaatioalgebran perusoperaatioita yhdiste (union), erotus (difference), leikkaus (intersection) ja ristitulo (Cartesian product) olen harvemmin tarvinnut! Kaikkein yleisin on tietysti yhtäläisyysliitos!

Valitettavasti luovuin jo vuonna 2003 "Lärvikirjasta" ja olen siirtynyt Ning.com ja LinkedIn.com puolelle työnantajan turvallisuus- ja käyttösääntöjen vuoksi.

Tutustumisiin

[ejl]

FTDNA mätsit saa tietokantaan helpolla pulauttimella. Tietokantana voi käyttää yksinkertaista SQLite-tietokantaa ja käyttö Linuxissa on äärimmäisen helppoa. Sinne voi viedä ff-mätsit, y-dna mätsit ja mt-dna mätsit. Sen jälkeen voi tehdä monipuolisia SQL-kyselyjä mätseihin.

Kuvia voi käydä katsomassa Suomi DNA ryhmästä Facebookissa.

Voisiko saada tänne käyttöohjeet ko. kuvan piirtämisen alkeista, meille jotka emme ole facebookissa?

Kiinostaisi tuo ff machien tietokantaan siirto ja nuo kaksi kuvaa, se värikäs suomen kartta ja sitten ne paikkakuntapallukat viivoin yhdistettynä vaikuttivat myös kiinnostavilta.

[ilkant]

Voisiko saada tänne käyttöohjeet ko. kuvan piirtämisen alkeista, meille jotka emme ole facebookissa?

Ohjeet löytyvät myös Matches2Fusion (http://dna.kier.re/matches2fusion/) -sivulta, jonne mätsitkin viedään. Jonkin verran joutuu käyttämään omaa päätään. Se Fusion ei ihan heti anna sopivannäköisiä kuvia. Asetuksissa kannattaa muutella arvoja.

[Rannan Esko]

Olen minä (Matches2fusion -palvelun toinen kehittäjä) myös tällä sivustolla "kirjoilla", vaikka ihan liian harvoin tuleekin käytyä. Olen harrastuksessani tuonne DNA-testipuolelle selvästi enemmän kallellaan kuin perinteiseen sukututkimukseen päin, koska pystyn käytännössä palvelemaan porukkaa edellisessä paremmin kuin jälkimmäisessä. IT-nörtti- ja luonnontiede-taustastani vaikuttaa asiassa merkittävästi.

Kiitos, ilkant, Matches2fusion-palvelun mainostuksesta täällä.

Matches2fusion -palvelun sivulla antamat - mielestäni kohtuullisen lyhyet - ohjeet kannattaa lukea. ;)
Jos ei onnistu niillä, niin sitten kysymään apuja. Täälläkin kaverit auttavat varmasti.