Onko vain yhden laboratorion dna-testi luotettava?

[OSTFRESEWESTFRESE]

Onko kukaan tehnyt koetta, että yhdestä ihmisestä otetaan dna-näytteet ja lähetetään ne samanaikaisesti kolmeen eri dna:a tutkivaan laboratorioon? Yksi näyte kuhunkin valittuun laboratorioon.
Jos kaikki menee oikein, niin testattavan pitäisi saada kolme samanlaista lopputulosta.
Mutta mitäs sitten, jos lopputulokset ovatkin kaikki erilaisia?
Silloin tulee väkisin mieleen lähinnä rahastus.
Ovatko DNA-tetsit luotettavia?

[Antti Järvenpää]

Tiedän joitakin henkilöitä, jotka ovat ottaneet tutkimuksen kaikista kolmesta jenkki tutkimuslaitoksesta, ja tulokset ovat periaatteessa samoja. Pieniä eroja toki on, mutta ei ratkaisevia.

[eeva häkkinen]

Ja on vielä muistettava, että eri labrat testaavat eri DNA-pätkiä, eivätkä tästä johtuvat erot kerro sekvenssoinnin laadusta mitään.

[KariKK]

Yleisen tason vastaukseen en omaa asiantuntemusta, mutta jonkinlaisesta laatutestistä käynee myös tapaus, jossa saman äidin 1600-luvun lopulla syntyneen kolmen tyttären jälkeläislinjat on testattu täysin toisistaan tietämättä. Myöskään FTDNA:lla, tässä tapauksessa, ei ole ollut tietoa, että kyseiset testinäytteet liittyvät sisaruksisiin johtaviin äitilinjoihin.
Näihin sisaruksiin johtaville äitiinjoille tuloksiksi on saatu sama haploryhmä. Tosin yhdessä linjassa on kahden mutaation ero kahteen muuhun äitilinjaan verrattuna, mutta sattumaltahan niitä mutaatioita tulee aina joskus.

[Taina Hyrske]

23ndme, Ancestry ja Ftdna

Olen teettänyt autosomaalitestin näissä kolmessa eri labrassa eli ns serkkutestin.

Siirsin kannat Ftdna:lle ja listaukset serkuista olivat hyvinkin samanlaiset, pieniä eroja. 23ndme:n testissä on oman testini teon 2013 jälkeen testattavia kohtia vähennetty radikaalisti, joten mitä luultavimmin myöhemmin tehtyjen testien tulokset eivät ole vertailukelpoisia enään Ftdna:n tekemään testiin nähden.

Joten en itse ainakaan serkkutestituloksen osalta voi muutasanoa kuin, että vertailukelpoista oli, mutta Ftdna tekee testin nyt laajimmin ja on työkaluja osumien tutkimiseen.

Mtdna-haplon osalta Ftdna testaa haploryhmän tarkemmin, kun ostaa laajimman testin, Mtfull.

Y-testiä irrallisena ei näissä parissa muussa firmassa edes tehdä.

23ndme näyttää haplon, mutta ei ole mahdollista tarkentaa, kuten Ftdna:lla.

Jos sukututkimuksen kannalta asiaa ajattelee, eniten on kantaa Ftdna:lla ja heillä on myös kromosomibrowser, joilla voi osumien yhteisiä pätkiä tutkia itse, missä voisi ehkä olla yhteistä suuntaa, jos sukupuut saatavilla.

Ancestry auttanee Amerikan pään osalta vielä lisää, jos tietää suvuistaan sinne siirtyneen joitain. Mitään työkaluja ei ole, vain serkut ja arvio serkkuudesta.

Kaikki kuitenkin vaatii sukupuiden olemassaolon, testi itsessään ei ratko mitään.

My Heritagen testin datan voi onneksi nyt siirtää Ftdna:lle, joten kunnon serkkutulokset on Ftdna:n kannasta saatavilla, loistava juttu.

Toivottavasti teksti selkeytti mahdollisesti jotain.

Terveisin

Taina Hyrske

[ilkant]

Family Tree Dna:n laboratorio tekee dna-analyysejä Amerikan viranomaisille erilaisissa tunnistustehtävissä. Mutu-tuntumana sanoisin omista teettämistäni sukututkimuksellisista testeistä, että luotan niihin. Faktana jopa, että yksi suvussa kerrottu tarina sai geenifaktapohjan. En voi uskoa, että se olisi sattumaa.

Sitten on vielä sellainen juttu, että dna-testaus on jaoteltava kahteen osaan:

1) Laboratoriotyöskentely näytteen analysoinnissa. Tässä on montakin erilaista tapaa. Esimerkkinä Big Y:ssä käytetty Illuminate-menetelmä, joka perustuu valoon ja spektreihin.

2) Tulosten tulkinta. Tähän osaan kuuluu tulosten jaottelu haploryhmiin jne. Ja osana tulee tietokanta muista tuloksista. Esim. kuinka suuri tietokanta on.

[Jukkis]

Minulla on pohjana FTDNA:n BigY josta on tehty YFull-testi. Nyt viikonloppuna oli tarjouksessa Dante Labsin Whole Genome Sequencing (WGS), josta yritän saada myös uuden YFull:n. Katsotaan mihin tuloksiin pääsevät:). https://www.dantelabs.com/collections/our-tests/products/whole-genome-sequencing. Onko muilla kokemusta tai arvioita tästä "uudehkosta" firmasta?

(P.S. nopea toimitus, Maanantaina lähettivät, Tiistaina oli minulla, Keskiviikkona palautin ja tänään perillä Italiassa.)

[ilkant]

Pieni varoitus uusista putkahtavista dna-firmoista. Venäläisellä foorumilla joku kertoi australialaisesta firmasta. Tarjosivat dna-testejä huomattavan halpaan hintaan. Kun menin ilmoitetulle webbisivulle, ei koko domainia ollut olemassa.

Huijarit liikkeellä tällaisella uudella apajalla?

Ja tämä ei sitten tarkoita ollenkaan hyviksi havaittuja firmoja. Ainoastaan jotkut siinä mielessä huonoja, että MYYVÄT asiakkaittensa dna-tietoja kolmansille osapuolille. Kaikki eivät tee onneksi noin.

[ilkant]

Full Genomes (https://www.fullgenomes.com/) Elite 2.1 -testin tuloksia voi viedä YFulliin (https://www.yfull.com/). Olen kuullut, että joissakin haploissa Elite 2.1 antaa 30 % enemmän snippitietoa kuin FTDNA:n Big Y.

Hyvä, että tällaista vertailevaa keskustelua on. FTDNA (https://www.familytreedna.com/) on muuten tosin suomalaisten suosikki. Sieltä saa paljon mätsejä. Ei ole tiedossa, onko Full Genomes -firmalla laajaa tietokantaa suomalaisten ihmisten dna:sta.

[Jukkis]

Kiitos Ilpo, näkyy sitten 6-9 viikon päästä mitä tuli tilattua.:confused:

[Jukkis]

Minulla on pohjana FTDNA:n BigY josta on tehty YFull-testi. Nyt viikonloppuna oli tarjouksessa Dante Labsin Whole Genome Sequencing (WGS), josta yritän saada myös uuden YFull:n. Katsotaan mihin tuloksiin pääsevät:). https://www.dantelabs.com/collections/our-tests/products/whole-genome-sequencing. Onko muilla kokemusta tai arvioita tästä "uudehkosta" firmasta?

(P.S. nopea toimitus, Maanantaina lähettivät, Tiistaina oli minulla, Keskiviikkona palautin ja tänään perillä Italiassa.)

Valmistui tuo testi ja mielenkiintoinen analyysi terveydestä. (Wellness & Longevity App ja Genome Overview) Lähettävät BAM-filen tällä viikolla (128 GB USB Flashdrive)?. Täytyy perehtyä kuinka siirrän sen YFull analyysiin.

[Giösling]

Sain juuri mielenkiintoisen testituloksen Suomesta.
Siihen vielä tarkemmin syventymättä, huomioin päällimmäisenä geeniperimän maantieteellisen jakautuman:

-British Isles 18 %
-East Europe 4 % (Balttia mukana, mutta ei Venäjä)
-Finland 70 %
-Scandinavia 8 %

Mitä tuo Suomen suuri 70 % on syönyt? Kuinka suomalaisten kaltainen, heterogeeninen kansakunta, voidaan määritellä DNA-testeissä omaksi kokonaisuudekseen? Mitä jos kuuluisimme suuriruhtinaskuntana edelleen Venäjään, kuten Suomi vielä 100 vuotta sitten? Luokiteltaisiinko tuo 70 % silloin venäläisiksi? Kuuluvatko n.s. "rantaruotsalaiset" tuohon suurimpaan pottiin?

[ilkant]

Mitä jos kuuluisimme suuriruhtinaskuntana edelleen Venäjään, kuten Suomi vielä 100 vuotta sitten? Luokiteltaisiinko tuo 70 % silloin venäläisiksi?

Hallinnolliset rajat eivät merkitse tässä mitään. Ainoastaan ihmispopulaatiot. Suomalaiset olisivat edelleen oma populaationsa. Mutta assimilaatiota varmaan Venäjän suuntaan olisi ollut aikojen saatossa hiukan enemmän.

[Giösling]

Minusta taas on suorastaan "kansallismielistä" korottaa pikkuruinen ja heterogeeninen Suomi omaksi geneettiseksi ryhmäkseen sellaisten verrokkijättien rinnalle, kuin "British Isles, East Europe, Southeast Europe, Iberia, West and Central Europe" jne.

En myöskään suostu ymmärtämään miten geneettisesti selkeästi Skandinaviaan kuuluvat n.s. "rantaruotsalaiset", voidaan sijoittaa suomalaisten ryhmään, kuten ketjuissa on, esimerkkitapauksin, annettu ymmärtää?

Uskoani koettelee sekin, että edesmenneen isäni Family Finder-tuloksissa annetaan hänelle 18 % "British Isles"-perimä, vaikka tarkkaan tutkituissa esipolvissan, ei Suomeen muualta tulleista esi-isistä ole havaintoa sitten 1600-1700-luvun vaihteen.

Tietääkseni lapsi perii vanhemmiltaan heidän geeninsä 50/50-periaatteella.
Jos oletetaan, että isäni äiti olisi ollut n.s. puhdas sadanprosentin suomalainen, olisi brittiperimän pitänyt isoisälläni olla peräti 36 %, vai menikö matikkani pieleen? Pyydän oikaisemaan, jos olen väärässä.

[Juha]

Lapsi ei saa perimää vanhemmiltaan puhtaasti 50/50 periaatteella....


Meillä on perimää noin 6800 centtimorgania. Tämä jakautuu jokaisen kohdalla hieman eri tavalla - muistaakseni vaihteluväli on 3266-3720cm - eli siis mitää saamme isältämme ja äidiltämme


Tämä kuva on hyvä apu;

http://ancestryisland.blogspot.fi/2017/06/a-helpful-dna-relationship-chart.html



Juha

[Giösling]

Suurinpiirtein sentään. Kokonaiskuvan kannalta marginaalisilla korjauksilla ei ole merkitystä. Kohtuuttomilta tuntuvat prosentit eivät vakuuta, kuten ei myöskään ikioma suomalainen "geenipooli", rantaruotsalaiset mukana.
Onko todella niin, kuin väitetään? Kysyy noviisi.

[Jukkis]

Sain kuriirilla tuon Flashdrive:n ja latasin sen Google Drive:n. Täytyi "ostaa" lisätilaa kun BAM ei sinne mahtunut. Nyt sitten tuli odotettu viesti:

Thank you for 7th order.
Bam 15001702300803A.bam has been downloaded and verified.
ID: YF11411
Analysis will be batched. Notification for payment will be sent after completion of the interpretation.

Odotellaan tuloksia.....

[Julle]

< Suurinpiirtein sentään. Kokonaiskuvan kannalta marginaalisilla korjauksilla ei ole merkitystä. Kohtuuttomilta tuntuvat prosentit eivät vakuuta, kuten ei myöskään ikioma suomalainen "geenipooli", rantaruotsalaiset mukana.
Onko todella niin, kuin väitetään? Kysyy noviisi. >

Tuloksia tulkitessaan pitäisi myös ymmärtää miten ne on saatu aikaiseksi. Ovatko ne todella totta tai vain jonkun geneettisen algoritmin satunnaisia arvailuja!
http://www.pcuf.fi/sytyke/lehti/kirj/st19992/06.pdf

Lukemisiin

[Jukkis]

Nyt on taas WGS tarjouksessa Maaliskuun ajan €399:https://www.dantelabs.com/products/whole-genome-sequencing?utm_source=Dante%20Labs%20Rare%20Diseas e%20Month

Omat valmistuneet tulokset YFullissa:

Tunnetut SNP:t
BigY:
SNP:t (kaikki):
118208
Positiivinen:
2084*(1,76%)
Negatiivinen:
95231*(80,56%)
Epävarma:
141*(0,12%)
Ei tulosta:
18372*(15,54%)

WGS:
SNP:t (kaikki):
118208
Positiivinen:
2931*(2,48%)
Negatiivinen:
112328*(95,03%)
Epävarma:
463*(0,39%)
Ei tulosta:
125*(0,11%)

STR:t

BigY
STR:t (kaikki):
587
Luotettavat alleelit:
420 (71,55%)
Epäluotettavat alleelit:
14 (2,39%)
Ei saatavilla:
153 (26,06%)

WGS:
STR:t (kaikki):
587
Luotettavat alleelit:
500 (85,18%)
Epäluotettavat alleelit:
20 (3,41%)
Ei saatavilla:
67 (11,41%)

En ole vielä tuota MtDNA testiä vertaillut.

[Antti Järvenpää]

Minusta taas on suorastaan "kansallismielistä" korottaa pikkuruinen ja heterogeeninen Suomi omaksi geneettiseksi ryhmäkseen sellaisten verrokkijättien rinnalle, kuin "British Isles, East Europe, Southeast Europe, Iberia, West and Central Europe" jne.

En myöskään suostu ymmärtämään miten geneettisesti selkeästi Skandinaviaan kuuluvat n.s. "rantaruotsalaiset", voidaan sijoittaa suomalaisten ryhmään, kuten ketjuissa on, esimerkkitapauksin, annettu ymmärtää?

Uskoani koettelee sekin, että edesmenneen isäni Family Finder-tuloksissa annetaan hänelle 18 % "British Isles"-perimä, vaikka tarkkaan tutkituissa esipolvissan, ei Suomeen muualta tulleista esi-isistä ole havaintoa sitten 1600-1700-luvun vaihteen.

Tietääkseni lapsi perii vanhemmiltaan heidän geeninsä 50/50-periaatteella.
Jos oletetaan, että isäni äiti olisi ollut n.s. puhdas sadanprosentin suomalainen, olisi brittiperimän pitänyt isoisälläni olla peräti 36 %, vai menikö matikkani pieleen? Pyydän oikaisemaan, jos olen väärässä.

Palaan tähän, kun vasta huomasin.

Suvullisessa lisääntymisessä jokaiseen sukusoluun periytyy sattumanvaraisesti perimää sukusolun tuottajan vanhemmilta. Eli sukusolussa voi olla mikä hyvänsä kombinaatio yksilön vanhemmiltaan perittyä perimää. Näin ollen jokainen sukusolu on täysin yksilöllinen. Hedelmöittymisessä perimä tulee sitten fifty fifty yksilön vanhemmilta.

Lapsi saa vanhempiensa geenejä 50/50 periaatteella, mutta niihin sukusoluihin on arpoutunut täysin sattumanvaraisesti lapsen isovanhempien geenejä ja joka ikinen sukusolu on erilainen. Mutaatiot myös syntyvät sukusolujen muodostumisessa.