Arkistonäkymässä ei tällä hetkellä lainaus erotu varsinaisesta viestistä. Suosittelemme että vilkaisette ns. täydellistä versiota: : YFull ohjeet
Teuvo Ikonen
15.06.17, 18:11
BigY-testini on valmistunut ja nyt pitäisi teettää vielä Yfull-analyysi. En ole löytänyt prosessille kunnon ohjetta, joten pyydän ystävällisesti apua tämän Forumin kautta. Puhelinnumeroni on 050-9133 654.
Teet FTDNA:n sivustolla Big Y:n tuloksissa tilauksen BAM-tiedostosta. Se on ilmainen Big Y:n teettäneelle. Valmistuu noin kahdessa viikossa. Sitten on kaksi mahdollisuutta, joista suosittelen urlin (http-osoitteen) välittämistä YFullin tilaukseen. Silloin YFull hakee suoraan BAM-tiedoston FTDNA:lta. Voit toki ladata BAM-tiedoston omalle koneelle ja sitten viedä se YFUll-tilaukseen. Kun teet tilauksen, saat oman ID:n YFullilta.
YFullista tulee 48 dollarin maksu sitten kun tulokset ovat valmiit. Noin puolen vuoden kuluttua. Lisäksi siitä vielä puoli vuotta, niin saat STR-mätsit SNP-mätsien lisäksi.
YFullissa on ryhmiä (groups), joista kannattaa liittyä sellaiseen, joka liittyy omaan tulokseen. Esimerkiksi N-ryhmään, jos haplo on N.
Teuvo Ikonen
15.06.17, 21:48
Parhaimmat kiitokset neuvoistasi. Olin jo tehnyt BAM-tiedoston tilauksen ja sain vastaukseksi, että sen generoinnin valmistuminen kestää 1-4 viikkoa. Tätä seuraavat toimenpiteet olivat minulle epäselviä, mutta ohjeesi selvittivät kyllä prosessin.
Sen urlin (http-osoite BAM-tiedostoon) näkyy siellä FTDNA:n Big Y -tuloksissa. Sen saa alalaidan painikkeella Share BAM. Ja sen vie sinne YFulliin, niin on mielestäni kätevintä.
Toki olen sitten ladannut BAM-tiedoston myös itselleni omalle koneelle. Jos on osaamista, niin on olemassa ohjelmia, jolla voi saada irti erinäisiä tietoja tiedostosta. Itse sain mm. selalisen tiedon, että oma BAM-tiedostoni oli katkennut ikään kuin poikki. En osaa vielä sanoa, onko loppupätkä jäänyt pois, vai onko se mahdollisesti tämän tutkimusohjelman bugi.
Sieltä saa myös toiset tiedostot VCF ja BED ilman tilaamisia. Nekin kannattaa ottaa talteen. VCF sisältää variantteja ja BED:in sisällöstä voi lukea paremmin FTDNA:n infosta.
Sitten vielä sananen YFullista. Mielestäni se antaa tuloksia enemmän kuin Big Y. Ja on siihen nähden tosi halpa. Sitten vielä olen kuullut, että Full Genomesin Elite 2.1 testin tulokset sisältävät 30 % enemmän Y-dna dataa kuin FTDNA:n Big Y ja senkin voi viedä YFulliin. Ja edelleen sen kautta YFulliin menee myös mt-dna -tiedot kun taas FTDNA on leikannut ne pois BAMistaan.
Tässä on niin hyvät tiedot BAMin ja YFullin tilauksista, että olisiko mahdollista että ylläpito siirtäisi tämän ketjun tuonne DNA-osioon ja muokkaisi otsikon vaikkapa tyyliin BAM ja YFull (oli Avunpyyntö).
Täällä se on hukassa. Tämä ei ole moite aloittajalle, kysymys on todella hyvä, vastauksesta puhumattakaan :)
Joo. Oli ihan sattumaa, että avasin "Avunpyyntö" viestin. Siitä kun ei käy ilmi ollenkaan, millaista apua tarvitaan. Aluksi ajattelin, että liittyy kirkonkirjoihin.
Laittakaa viesteihinne viestin sisältöä kuvaava otsikko! Ja tämä pätee pitkiin viestiketjuihinkin, joissa aihe rönsyilee ihan muuallekin kuin alkuperäisen viestin aiheeseen.
Teet FTDNA:n sivustolla Big Y:n tuloksissa tilauksen BAM-tiedostosta. Se on ilmainen Big Y:n teettäneelle. Valmistuu noin kahdessa viikossa. Sitten on kaksi mahdollisuutta, joista suosittelen urlin (http-osoitteen) välittämistä YFullin tilaukseen. Silloin YFull hakee suoraan BAM-tiedoston FTDNA:lta. Voit toki ladata BAM-tiedoston omalle koneelle ja sitten viedä se YFUll-tilaukseen. Kun teet tilauksen, saat oman ID:n YFullilta.
YFullista tulee 48 dollarin maksu sitten kun tulokset ovat valmiit. Noin puolen vuoden kuluttua. Lisäksi siitä vielä puoli vuotta, niin saat STR-mätsit SNP-mätsien lisäksi.
YFullissa on ryhmiä (groups), joista kannattaa liittyä sellaiseen, joka liittyy omaan tulokseen. Esimerkiksi N-ryhmään, jos haplo on N.
Menee yli hilseen, kas kun en ole tuota Big Y:tä teettänyt.
Etsin 1800 -luvun lopulla syntynyttä isoisän isoisääni, ja tilanteeni on se, että Y67 osumia on 29 kpl ja lähin niistä 4 markkerin päässä. Näistä 29:stä on 4:llä "Terminal SNP" -sarakkeessa haploryhmä ja kaikilla eri.
Onko minun järkevää teettää Big Y tutkimus tai joku muu isälinjaa tarkentava tutkimus, kun ottaa huomioon mitä etsin?
Menee yli hilseen, kas kun en ole tuota Big Y:tä teettänyt.
Etsin 1800 -luvun lopulla syntynyttä isoisän isoisääni, ja tilanteeni on se, että Y67 osumia on 29 kpl ja lähin niistä 4 markkerin päässä. Näistä 29:stä on 4:llä "Terminal SNP" -sarakkeessa haploryhmä ja kaikilla eri.
Onko minun järkevää teettää Big Y tutkimus tai joku muu isälinjaa tarkentava tutkimus, kun ottaa huomioon mitä etsin?
Hei, riippuu siitä mihin ryhmään kuulut. Yleensä eri projektien adminit auttavat linjan määrittämisessä ja ehdottavat mahdollista SNP Pack:ä. Se ei välttämättä aina anna lopullista haaraa joten tuo BigY on suositeltava. Vielä pitäisi olla alennuskoodi voimassa (RAMBigY2017 - $150 off Big YSD) jos päädyt siihen.
Hei, riippuu siitä mihin ryhmään kuulut. Yleensä eri projektien adminit auttavat linjan määrittämisessä ja ehdottavat mahdollista SNP Pack:ä. Se ei välttämättä aina anna lopullista haaraa joten tuo BigY on suositeltava. Vielä pitäisi olla alennuskoodi voimassa (RAMBigY2017 - $150 off Big YSD) jos päädyt siihen.
Minulle on kyllä ehdoteltu vaikka mitä Packejä, oman isälinjani löytämiseksi, mutta onko niistä hyötyä, jos y67 tuloksissa ei ole osumia??
Eikö Dunkelin haplopuu (olen N haploa) ole kuitenkin vielä niin harva. Onko siitä 1800 -luvun henkilöä etsittäessä ole hyötyä, että tiedän mikä SNP minua määrittää, jos tuoreimmatkin SNP:t on 425 vuoden takaa? Tämä on se kysymys, jota en ymmärrä.
Etsin 1800 -luvun lopulla syntynyttä isoisän isoisääni, ja tilanteeni on se, että Y67 osumia on 29 kpl ja lähin niistä 4 markkerin päässä. Näistä 29:stä on 4:llä "Terminal SNP" -sarakkeessa haploryhmä ja kaikilla eri.
Onko minun järkevää teettää Big Y tutkimus tai joku muu isälinjaa tarkentava tutkimus, kun ottaa huomioon mitä etsin?
Aika kaukaisia vielä nuo Y-67 GD 4 mätsit ovat. Jos yksi mutaatio on (Sjölundin mukaan) 130 vuotta, yhteinen esi-isä on laskennallisesti yli 500 vuoden päässä testatuista. Ja se tosiaan on vain arvio. Voi heitellä.
DNA-testi ei anna samalla tavalla vastauksia kuin kirkonkirjoja selannut voi ajatella. DNA antaa todennäköisyyksiä ja etsintähaarukan kapeutumisia, mutta vain onnekkaissa tapauksissa varman henkilöön kohdistuvan tiedon. Usein kai dna-tuloksilla ei omaan sukupuuhun saada yhteyttä. Mutta YFullissa pääsee onnella kiinni sukunimiin, jos siellä tietokannoissa on muita geeneiltään läheisiä ihmisiä.
Tuossa kuvatussa tilanteessa ehdottaisin Big Y:tä, jos sen teettäminen on mahdollista. Minulla kesti vain 2 kk kun SNP-testin jälkeen päädyin teettämään Big Y:n. Ja se olisi kertonut SNP-testin tulokset ja monin verroin enemmän. Big Y tarkensi vain yhden haploryhmän tarkemmaksi SNP-packin jälkeen. Tämäkin ihan kiinni kaiketi haplosta, onko siitä paljon testattuja.
Kannattaa kysellä Big Y:n tehneiltä kokemuksia. Minulle se ei ole antanut suoria vastauksia, (lähimmät mätsit GD 1). Nämä ovat tietääkseni SNP-mätsejä kun taas Y-xx ovat STR-mätsejä. Ja YFullissa saa molempia.
Hei, riippuu siitä mihin ryhmään kuulut. Yleensä eri projektien adminit auttavat linjan määrittämisessä ja ehdottavat mahdollista SNP Pack:ä. Se ei välttämättä aina anna lopullista haaraa joten tuo BigY on suositeltava. Vielä pitäisi olla alennuskoodi voimassa (RAMBigY2017 - $150 off Big YSD) jos päädyt siihen.
Yksi SNP-testi maksaa FTDNA:lla muistini mukaan $ 39. Jo 3 SNP-testiä niin SNP pack tulee halvemmaksi. Ja Big Y noin 15 testillä ja antaa noin 20 000 SNP-tietoa. Hyvällä järkeilyllä varmasti monet pääsevät muutamalla testillä haluamaansa tulokseen. Tässä on vertailun vuoksi noita testejä.
Minulle on kyllä ehdoteltu vaikka mitä Packejä, oman isälinjani löytämiseksi, mutta onko niistä hyötyä, jos y67 tuloksissa ei ole osumia??
Hyvin päätelty. SNP-testi tarkentaa vain haploa. Ei tuo uusia mätsejä.
Huom. FTDNA:n Y-xx -testit antavat STR-mätsejä ja BIG Y antaa SNP-mätsejä. Näin olen havainnut.
Eikö Dunkelin haplopuu (olen N haploa) ole kuitenkin vielä niin harva. Onko siitä 1800 -luvun henkilöä etsittäessä ole hyötyä, että tiedän mikä SNP minua määrittää, jos tuoreimmatkin SNP:t on 425 vuoden takaa? Tämä on se kysymys, jota en ymmärrä.
Haplopuut eivät yllä lähellekään 1800-lukua. Usein jää jonnekin 100 - 500 jKr. :) Joissakin onnekkaissa tapauksissa haplopuu ulottuu noin 500 ybp (vuoosia ennen tätä päivää) eli noin 1500-luvulle. Dunkelin puussa on niitä lukemia oksissa.
YFull voi onnekkaassa tapauksessa päästä kirkonkirjojen sukunimiin asti. Ja nekin tiettävästi vaativat päättelemisiä.
. Mutta YFullissa pääsee onnella kiinni sukunimiin, jos siellä tietokannoissa on muita geeneiltään läheisiä ihmisiä.
Haplopuut eivät yllä lähellekään 1800-lukua. Usein jää jonnekin 100 - 500 jKr. :) Joissakin onnekkaissa tapauksissa haplopuu ulottuu noin 500 ybp (vuoosia ennen tätä päivää) eli noin 1500-luvulle. Dunkelin puussa on niitä lukemia oksissa.
YFull voi onnekkaassa tapauksessa päästä kirkonkirjojen sukunimiin asti. Ja nekin tiettävästi vaativat päättelemisiä.
SNP-testi tarkentaa vain haploa. Ei tuo uusia mätsejä.
Kitos vastauksista. Samalla tavalla olen tämän asian käsittänyt. Siksi olen vielä odotellut hintojen laskua.
Täytyy vielä muistaa ettei mikään ryhmä tarkennu ilman uusia testejä:). Poikani YFull analyysi tuloillaan ja saapa nähdä mitä eroavaisuuksia meillä on. Nyt vielä Elokuun loppuun BigY alennuksessa muistaakseni alle $400 joten pari päivää vielä aikaa tilata. Dunkelin puu päivittyy sitten uusien tulosten perusteella.
Joskus sattuu satumainen onni. Tosin sukulaiselle, ei itselle. Hallinnoin hänen YFull-kittiä. Siihen on tullut kesän aikana (noin 4 kk) peräti 5 kpl STR-lähiosumaa. Lähiosuma tarkoittaa geneettistä etäisyyttä < 0,1000.
Esimerkiksi viimeisimmän osuman etäisyys vastaa 11 eroavaa STR-arvoa 279:stä arvosta. Tuollaista alkaa jo mielellään tutkia tarkemmin.
Miisamaija
18.11.18, 13:28
Mitä mahdollisuuksia tämä avaa ts. missä/miten sitä voi hyödyntää? Mihin palveluihin sen voi siirtää?
Whole Genome Sequencing with mtDNA
https://www.dantelabs.com/collections/home-page-europe/products/whole-genome-sequencing?fbclid=IwAR2_jwh1DoK0s4-eZa-jmzuBHYBuMAkI9kY2ZCu0ZIhL0x77f9jU7tcrVIY
Siitä sain nyt vain YFull analyysin ja terveystietoja. Onhan tuo WGS sitten valmiina kun muita vaihtoehtoja tulee lisää. Myös tuli Mt-Full.
Miisamaija
18.11.18, 13:50
Ok, kiitos! Jääpä harkintaan. Pitkään odotteluun saa ilmeisesti varautua, mutta pääasia, että tiedot tulevat ja näinhän on sitten käynyt. :)
Mitä mahdollisuuksia tämä avaa ts. missä/miten sitä voi hyödyntää? Mihin palveluihin sen voi siirtää?
Whole Genome Sequencing with mtDNA
Dante Labsin tarjous 169 eur on tosiaan edullinen!
Lopullisesta BAM-tiedostosta voi erotella y-kromosomin datan erilleen ja lähettää YFulliin analysoitavaksi noin 50e hintaan, jolloin saa tarkan y-haploryhmän, y-matcheja ja myös ne noin 500 str-markkeria.
Lopullisesta BAM-tiedostosta voi erotella mitokondrion osuuden erilleen ja uploadata vaikka Mthap-new analyysiin, jonka pitäisi kertoa mt-haploryhmä hyvin tarkasti. Linkki on dna.jameslick.com/mthap-new/
Suurin osa BAM-tiedostosta on kromosomien 1-22 dataa, joka ei ilmeisesti vielä nyt sovellu (?) geeniserkkujen etsintään, koska työkalut ovat vielä ff-testien tasolla. Joku sairausgeeni-analyysi on myös kuulemma mahdollista tehdä.
BAM-tiedosto on suuri kooltaan, suunnilleen 100 gigatavua, eikä sovellu aivan aloitteleville tietokoneen käyttäjille. Samoin y- ja mt-osuuden erottaminen BAM-tiedostosta erikseen, on hieman osaamista vaativa temppu.
Tuttavapirissä odotamme parhaillaan kolmea Danten tulosta valmistuvaksi joskus ehkä maalis-kesäkuun aikana. Sitten tiedetään lisää.
Tommi Jämsä
16.12.18, 20:29
Osaisiko joku sanoa, mitä lisätietoa Y-111 tai Big Y-500 toisi sellaiselle, joka on jo tehnyt Y-DNA67:n?
BigY-testini on valmistunut ja nyt pitäisi teettää vielä Yfull-analyysi. En ole löytänyt prosessille kunnon ohjetta, joten pyydän ystävällisesti apua tämän Forumin kautta. Puhelinnumeroni on 050-9133 654.
Täältä sivultani löytyy yksityiskohtaiset tiedot miten tuo YFull testi tilataan
http://www.123kotisivu.fi/Korhoant/76104614
Osaisiko joku sanoa, mitä lisätietoa Y-111 tai Big Y-500 toisi sellaiselle, joka on jo tehnyt Y-DNA67:n?
No minä pähkäilin pitkään täsmälleen samaa kysymystä, BigY on hintava.
Nyt minulla on BigY tehtynä ja en ole päässyt eteepäin isoisän isoisän etsinnässä. Minulla on kyllä varsin hyvä ja perusteltu arvaus, mutta se ei ole BigY.n ansiota.
BigY toi minulle ja tällä hetkellä yhdelle toiselle oman haploryhmän. Onhan se aika cool. :D:
Osaisiko joku sanoa, mitä lisätietoa Y-111 tai Big Y-500 toisi sellaiselle, joka on jo tehnyt Y-DNA67:n?
Y111 vertailee suuremman määrän markkereita. Tarkoittaa sitä, että jos Y67-testistä on läheisiä y-dna osumia, niin Y111 voi näyttää niistä läheisimmät. Kun markkerimäärä kasvaa, niin GD-etäisyydetkin kasvavat. On siis suurempi määrä markkereita, joista voi löytyä erottavia tekijöitä. Näin ollen jos Y67-testissä on vain vähän mätsejä (kuten minulla 16), niin Y111-testissä niitä voi olla nolla. Ei siis yhtään, kuten minulla. Tuota Y111-testiä kannattaa tehdä silloin kun Y67-mätsejä on paljon ja haluaa tarkemmat tiedot läheisistä isälinjan mätseistä. Toki minulla tilaukseen vaikutti erittäin halpa päivityshinta noin 40 €, jolloin tilasin sen ihan sen vuoksi.
Big Y 500 testi antaa taas lisää SNP ja nykyisin myös STR -arvoja. SNP.tä verrataan noin 20 000 kpl. STRiä verrataan noin 500. Tämä testi voi tarkentaa haploryhmää. Ja voi tulla läheisiä osumia, jos ne ihmiset ovat niitä teettäneet (siis myös heidän pitää tehdä Big Y 500 -testi). Minulla ei Big Y -mätsejä ole tämän hg38-muutoksen jälkeen yhtään. Tarkoittaa, että esi-isieni lähisuvuista ei ole kukaan teettänyt tätä testiä.
Toivon mukaan joku hyötyy tästä "kansanomaisesta" selityksestä.
Seppo Frisk
12.04.19, 17:37
Osaisko kukaan sanoa miksi YFullissa ei ikäarvio näytä mitään, näyttää vai tekstin, "Ikäarvio on käynnissä.Tämä voi kestää jonkin aikaa." On ollut kone päällä päivän eikä mitään muuta tapahdu?
Osaisko kukaan sanoa miksi YFullissa ei ikäarvio näytä mitään, näyttää vai tekstin, "Ikäarvio on käynnissä.Tämä voi kestää jonkin aikaa." On ollut kone päällä päivän eikä mitään muuta tapahdu?
Haplon iän määrityksessä menee muutama viikko. Oman koneen päälläolo ei nopeuta prosessia:)
vBulletin® v3.8.11, Copyright ©2000-2024, vBulletin Solutions Inc.