DNA-sukututkimusta

[Jouko l.]

Osaako joku vastata seuraaviin kysymyksiin.
Äitilinja (mtDNA). Matches 1 Genetic Distance.
Isälinja (y-DNA) 67 Marker. Matches 4 Generatic Distance.

Montako vuosisataa tai vuosikymmeniä on kulunut, jotta äiti- ja isä-linjasta löytyy lähi-
sulaisia tai montako sukupolvea sitten, löytyy lähisukulaisia.

Kiitoksia etukäteen

[Jaska]

Osaako joku vastata seuraaviin kysymyksiin.
Äitilinja (mtDNA). Matches 1 Genetic Distance.
Isälinja (y-DNA) 67 Marker. Matches 4 Generatic Distance.

Montako vuosisataa tai vuosikymmeniä on kulunut, jotta äiti- ja isä-linjasta löytyy lähi-
sulaisia tai montako sukupolvea sitten, löytyy lähisukulaisia.

Kiitoksia etukäteen
Tuossa on ilmeisesti osumien lukumäärät (1 ja 4) muttei geneettistä etäisyyttä?

Äitilinjojen ajoittaminen on hyvin karkealla tasolla, mutta isälinjahaplotyyppien kohdalla voidaan päästä parempaan tarkkuuteen. Muutama vuosi sitten venäläiset geenisukututkijat uudistivat mutaatioasteita suureen sukulaislinja-aineistoon perustuen (Rozhanskii & Klyosov 2011), ja 67:n markkerin haplotyypissä tapahtuu heidän mukaansa yksi mutaatio keskimäärin kahdeksan sukupolven välein. Jos siis GD eli geneettinen etäisyys on esim. 4/67, olisi aikasyvyys tilastollisesti todennäköisimmin siinä 4 x 8 = 32 sukupolvea.

[harrysme]

Minulla loppuivat täysosumat jo 25 markerin testin jälkeen, mutta tässä esimerkiksi. Täysosuma 67 markkerilla tuo todennäköisen sukulaisuuden jo aika lähelle ja on ehkä uskottavampikin.

In comparing Y-DNA 25 marker results, the probability that Peter and Harry shared a common ancestor within the last...
Comparison Chart

Generations Percentage 4 61,17% 8 84,92% 12 94,15% 16 97,73% 20 99,12% 24 99,66%

Jos tietosi on viety sivulle https://my.familytreedna.com sieltä saa vastaavan laskelman sekä täysosumille, että parilla markkerilla poikkeaville tuloksille.

Tuloksiin on syytä suhtautua varauksin. Ymmärtäisin, että esille tulevat yhtä läheisistä sukulaisista ne, jotka sattumalta ovat tutkituilta markkereilta läheisimmät, ja pääosa jää näkymättömiin.

[Jaska]

Tuloksiin on syytä suhtautua varauksin. Ymmärtäisin, että esille tulevat yhtä läheisistä sukulaisista ne, jotka sattumalta ovat tutkituilta markkereilta läheisimmät, ja pääosa jää näkymättömiin.
Erittäin hyvä pointti, juuri näin siinä käy!
Oletetaan kaksi lähisukuista alaryhmää. Ykkösryhmän se jäsen, jolla on tapahtunut vähiten mutaatioita, on laskennallisesti lähempänä kaikkia kakkosryhmän jäseniä kuin sellainen, jolla on tapahtunut enemmän mutaatioita. Silti todellinen geneettinen läheisyys on yhtä suuri kaikista ykkösryhmäläisistä kaikkiin kakkosryhmäläisiin.

Ongelma ratkeaa vain koostamalla haplotyyppisukupuita, joista ihmiset voivat katsoa, mihin alaryhmään he kuuluvat ja siten arvioida todellisen sukulaisuuden (aika)syvyyden.
http://www.elisanet.fi/alkupera/N1c1tree.pdf

[ehjelt]

Tuossa on ilmeisesti osumien lukumäärät (1 ja 4) muttei geneettistä etäisyyttä?

Äitilinjojen ajoittaminen on hyvin karkealla tasolla, mutta isälinjahaplotyyppien kohdalla voidaan päästä parempaan tarkkuuteen. Muutama vuosi sitten venäläiset geenisukututkijat uudistivat mutaatioasteita suureen sukulaislinja-aineistoon perustuen (Rozhanskii & Klyosov 2011), ja 67:n markkerin haplotyypissä tapahtuu heidän mukaansa yksi mutaatio keskimäärin kahdeksan sukupolven välein. Jos siis GD eli geneettinen etäisyys on esim. 4/67, olisi aikasyvyys tilastollisesti todennäköisimmin siinä 4 x 8 = 32 sukupolvea.

Haluan selvittää itselleni näitä geneettiseen etäisyyteen liittyviä käsitteitä.

Otetaan em. esimerkki, jossa yhdessä mieslinjassa tapahtuu mutaatio tilastollisesti keskimäärin 8 sukupolven välein. Geneettisessä etäisyydessä verrataan kuitenkin aina kahta mieslinjaa keskenään. Näissä kummassakin pätee tuo mutaatio keskimäärin 8 sukupolven välein. Eikö aikasyvyys yhteiseen esi-isään ole silloin lähempänä (4 x 8)/2 = 16 sukupolvea. Lisäksi minua aina hämää se, että sukupolvien laskenta aloitetaan joskus päähenkilöstä itsestään ja joskus hänen lapsistaan/vanhemmistaan. Joissakin yhteyksissä käytetään sukupolvien (generations) sijaan termiä transmission event eli tapahtuma, jossa mutaatio ilmenee eli tässä tapauksessa kun Y-DNA:sta puhutaan, niin poikalapsen syntymä. Mielestäni se on selvempi kuin käsite sukupolvi.

[Jaska]

Haluan selvittää itselleni näitä geneettiseen etäisyyteen liittyviä käsitteitä.

Otetaan em. esimerkki, jossa yhdessä mieslinjassa tapahtuu mutaatio tilastollisesti keskimäärin 8 sukupolven välein. Geneettisessä etäisyydessä verrataan kuitenkin aina kahta mieslinjaa keskenään. Näissä kummassakin pätee tuo mutaatio keskimäärin 8 sukupolven välein. Eikö aikasyvyys yhteiseen esi-isään ole silloin lähempänä (4 x 8)/2 = 16 sukupolvea. Lisäksi minua aina hämää se, että sukupolvien laskenta aloitetaan joskus päähenkilöstä itsestään ja joskus hänen lapsistaan/vanhemmistaan. Joissakin yhteyksissä käytetään sukupolvien (generations) sijaan termiä transmission event eli tapahtuma, jossa mutaatio ilmenee eli tässä tapauksessa kun Y-DNA:sta puhutaan, niin poikalapsen syntymä. Mielestäni se on selvempi kuin käsite sukupolvi.
Joo, on tärkeää tietää, mitä lasketaan. Kun tietokannat kertovat geneettisen etäisyyden, niin silloin oletuksena on, että kummallakin verrattavalla osapuolella on tapahtunut puolet siihen johtavista mutaatioista. Aikasyvyyttä arvioitaessa se pitää siis huomioida, eli laskennallinen geneettinen etäisyys 4 tarkoittaa, että keskimäärin ja oletettavasti kummallakin olisi tapahtunut kaksi mutaatiota. Eli aikasyvyys yhteiseen esi-isään olisi 67:llä markkerilla juuri tuo 2 x 8 = 16 sukupolvea.

Jos taas lasketaan haplotyyppisukupuuta pitkin, niin lasketaan kunkin esi-isän jälkeläisten keskimääräinen mutaatiomäärä esi-isästä. Tällöin mitään ei jaeta kahdella.