Crossing over ja geenien sekoittuminen ?

[Seija Randell]

DNA-sukutukimuksessa tuodaan esille mahdollisuus löytää sellaisia sukulaisia, joista ei ennestään ole tietoa. Jossakin perusteellisemmassa tekstissä kylläkin todetaan, että pikkuserkkuja kaukaisempien sukulaisten löytyminen on epävarmaa, osumia voi tulla tai sitten ei. Tämähän johtuu geenien periytymisestä puoleksi isältä ja äidiltä, mutta sattumanvaraisesti, ja sitten emme sitä ennen saakaan neljäsosaa geeneistä jokaiselta esivanhemmalta. Käytännössä tämä tulee hyvin esille.
Elävässä elämässä paikkakunnan ihmiset ovat suureksi osaksi kaukaisia "sukulaisia" keskenään, usein vielä moneen kertaan, vaikka kyseessä ei olisi edes eristyksissä oleva populaatio. Näin ollen on sanottu 1-2 prosentin sukulaisuuden vastaavan yleistä sukulaisuutta paikkakunnalla.
Genoksessa oli muutama vuosi sitten artikkeli "Kan genealogin biologiseras ?", jossa esitetään serkkujen sukulaissuhteessa identiteetiksi 12,5 % ja keskihajonta 2,1, mutta pikkuserkun kohdalla luvut ovat 3,125 ja 1,3. Siis tilastollisesti jo pikkuserkussuhde häviää tuohon yleisiin sukulaisuuteen ja toisaalta nuo monenkertaiset sukulaissuhteet voivat antaa "liian" läheisen kuvan.
Olisi kiinnostavaa tietää, onko haploryhmien vertaamisessa voitu päätellä jotakin siitä, kuinka iso osuus erilaisuudella on crossing overilla ? Ilmeisesti ihan viime vuosina on saatu paljon uutta tietoa, sillä aiemmasta poiketen nyt on tietona, että kyllä sukupuolikromosomitkin osallistuvat siihen, tosin vain pieneltä osaltaaan ja se Y-kromosomihan on muutenkin tynkä; siinä tuon pseudoautosomaalisen alueen kooksi arvioidaan viittä prosenttia.
Kuulun itse niihin, joilla "puolet lähiseudusta" ( 50-60 km, mutta tiheästi asuttua seutua) on 1700-luvun alusta laskettuna "sukua" ja moneenkin kertaan. Toisaalta minulla ei ole tarvetta selvittää sukuani muuten kuin väestökirjanpidosta. Mutta tulee näitä juttuja miettineeksi.

[Julle]

< DNA-sukutukimuksessa tuodaan esille mahdollisuus löytää sellaisia sukulaisia, joista ei ennestään ole tietoa. Jossakin perusteellisemmassa tekstissä kylläkin todetaan, että pikkuserkkuja kaukaisempien sukulaisten löytyminen on epävarmaa, osumia voi tulla tai sitten ei. Tämähän johtuu geenien periytymisestä puoleksi isältä ja äidiltä, mutta sattumanvaraisesti, ja sitten emme sitä ennen saakaan neljäsosaa geeneistä jokaiselta esivanhemmalta. Käytännössä tämä tulee hyvin esille.
Elävässä elämässä paikkakunnan ihmiset ovat suureksi osaksi kaukaisia "sukulaisia" keskenään, usein vielä moneen kertaan, vaikka kyseessä ei olisi edes eristyksissä oleva populaatio. Näin ollen on sanottu 1-2 prosentin sukulaisuuden vastaavan yleistä sukulaisuutta paikkakunnalla.
Genoksessa oli muutama vuosi sitten artikkeli "Kan genealogin biologiseras ?", jossa esitetään serkkujen sukulaissuhteessa identiteetiksi 12,5 % ja keskihajonta 2,1, mutta pikkuserkun kohdalla luvut ovat 3,125 ja 1,3. Siis tilastollisesti jo pikkuserkussuhde häviää tuohon yleisiin sukulaisuuteen ja toisaalta nuo monenkertaiset sukulaissuhteet voivat antaa "liian" läheisen kuvan.
Olisi kiinnostavaa tietää, onko haploryhmien vertaamisessa voitu päätellä jotakin siitä, kuinka iso osuus erilaisuudella on crossing overilla ? Ilmeisesti ihan viime vuosina on saatu paljon uutta tietoa, sillä aiemmasta poiketen nyt on tietona, että kyllä sukupuolikromosomitkin osallistuvat siihen, tosin vain pieneltä osaltaaan ja se Y-kromosomihan on muutenkin tynkä; siinä tuon pseudoautosomaalisen alueen kooksi arvioidaan viittä prosenttia.
Kuulun itse niihin, joilla "puolet lähiseudusta" ( 50-60 km, mutta tiheästi asuttua seutua) on 1700-luvun alusta laskettuna "sukua" ja moneenkin kertaan. Toisaalta minulla ei ole tarvetta selvittää sukuani muuten kuin väestökirjanpidosta. Mutta tulee näitä juttuja miettineeksi. >

Lyhyesti: Tyhjästä on paha nyhjästä eli tietoa ei saa populaatiosta, jos sitä ei ole mistä ottaa! Toinen tosiasia: Normaalijakautuma toimii olevassa olevasta populaatiosta eli algoritmi antaa jonkun yleisyyden ja todennäköisyyden normaalijakautumaan verrattuna joko alkupäästä tai loppupäästä janaa.

Niin se matematiikka toimii!

[Rannan Esko]

Näin ollen on sanottu 1-2 prosentin sukulaisuuden vastaavan yleistä sukulaisuutta paikkakunnalla.
Genoksessa oli muutama vuosi sitten artikkeli "Kan genealogin biologiseras ?", jossa esitetään serkkujen sukulaissuhteessa identiteetiksi 12,5 % ja keskihajonta 2,1, mutta pikkuserkun kohdalla luvut ovat 3,125 ja 1,3. Siis tilastollisesti jo pikkuserkussuhde häviää tuohon yleisiin sukulaisuuteen ja toisaalta nuo monenkertaiset sukulaissuhteet voivat antaa "liian" läheisen kuvan.Pikkuserkkusuhde ei häviä yleiseen sukulaisuuteen, koska 1-2:n prosentin yleinen sukulaisuus on DNA:ssa pirskottuneena sinne tänne pieniksi segmenteiksi koko autosomaaliseen DNA:han. Pikkuserkkuus sen sijaan tuottaa harvempia pitkähköjä jaettuja segmenttejä.

[Seija Randell]

Tilastollisesti. Ja tuo artikkeli oli sen verran vanha, että se käsitteli geenejä eikä näitä pätkiä eli vähän eri asia. Eli uskon antamasi tiedon sirottumisesta pieniksi segmenteiksi ja pikkuserkkuuden näkymisestä.