PDA

Arkistonäkymässä ei tällä hetkellä lainaus erotu varsinaisesta viestistä. Suosittelemme että vilkaisette ns. täydellistä versiota: : YDNA haploryhmien suuret muutokset


Fishersson
03.05.14, 10:40
Nyt on meneillään suuria muutoksia haploryhmien määrittelyssä ainakin entisen N1c:n osalta, joka on mahdollisesti muuttumassa joksikin N1a1a:ksi. Monet entiset määrittelyt ovat vaihtuneet jo ja jopa moneen kertaan. Mitä on kaiken taustalla? Tietääkö joku perusteista ja kokonaistilanteesta?

Kysymyksiä on synnyttänyt se, että FamilyTreeDNA:n haplopuu on muuttunut tai muuttumassa, mutta mitään kattavaa tiedotusta ei ole ollut saatavissa? ISOGGin luokittelu ei ole ainakaan vielä muuttunut, mutta siihenkin on tiettävästi tulossa muutoksia.

Jaska
03.05.14, 15:43
Nyt on meneillään suuria muutoksia haploryhmien määrittelyssä ainakin entisen N1c:n osalta, joka on mahdollisesti muuttumassa joksikin N1a1a:ksi. Monet entiset määrittelyt ovat vaihtuneet jo ja jopa moneen kertaan. Mitä on kaiken taustalla? Tietääkö joku perusteista ja kokonaistilanteesta?

Kysymyksiä on synnyttänyt se, että FamilyTreeDNA:n haplopuu on muuttunut tai muuttumassa, mutta mitään kattavaa tiedotusta ei ole ollut saatavissa? ISOGGin luokittelu ei ole ainakaan vielä muuttunut, mutta siihenkin on tiettävästi tulossa muutoksia.
Uusia SNP-mutaatioita löydetään, ja silloin kun löytyy sellainen joko yhdistää useampia haploryhmiä, muuttuvat kooditkin. Aikoinaan oli vain Hg16 (Tat-C) ja Hg12 (muu N), mutta sitten kun löydettiin näitä yhdistävä mutaatio, annettiin yhteisen haploryhmän nimeksi N, ja alahaploryhmiä olivat N1, N2 ja N3. Sitten löytyi taas uusi mutaatio, joka yhdisti näitä kaikkia, ja niistä tuli uuden N1:n alahaploryhmiä N1a, N1b ja N1c. Taas löytyi uusia mutaatioita, ja piti yhdistää kaksi ensimmäistä N1c2:n alahaploryhmiksi, kolmannen muuttuessa N1c1:ksi (edelleen tunnuksena Tat-C eli M46).

Nyt sitten on löytynyt jotain, joka yhdistää kaikki N1a1:ksi ja entinen N1c1 muuttuu N1a1a:ksi.

Valitettavan sekava käytäntö, kun nimitykset muuttuvat jatkuvasti ja yhä kiihtyvämmällä tahdilla. Lisäksi alahaploryhmät ovat jo luvattoman pitkiä, tyyliin N1c1a1a1a1a. Selvempää onkin siirtyä käytäntöön, jossa päähaploryhmän tunnuksen perään liitetään merkkimutaatio, esim. N-Tat (tämänhetkinen N1c1) tai N-M178 (tämänhetkinen N1c1a, johon kaikki eurooppalaiset kuuluvat). Kun ei voi tietää, minkä vuoden alahaploryhmäkoodia kukin käyttää, joten on vaarana puhua ihan eri asioista.

Fishersson
04.05.14, 11:44
Kiitos selkeyttävästä vastauksesta Jaska. Tämmöisiä puheenvuoroja DNA-sukututkimuksesta tarvittaisiin enemmänkin. Moni tavallinen testiasiakas on nyt näissä asioissa enemmän tai vähemmän pihalla riittävän tiedotuksen puutteen vuoksi.

Olisi hyvä kuluttajien eli testien tilaajien kannalta, että kaupalliset palvelun tuottajat (esim. FTDNA) seuraisivat haplopuissaan yhtä koordinoivaa ja puolueetonta tahoa, joka sitten erittäin huolellisesti ja täsmällisin kriteerein tekee tarvittavia muutoksia. Kai ISOGG on tällainen ja kai järjestys on niin, että ISOGG harkitsee muutokset ensin? Sama mielestäni voisi päteä ainakin jossain määrin FTDNAn alaprojekteihinkin, joissa tällä hetkellä on hyvin kirjavia geneettisten klaanien luokitteluja. Eri asia on yksityisten henkilöiden kehittelemät haplo/fylopuut, joissa tietenkin voidaan harrastaa luovaa kehittelyä ja viedä asioita eteenpäin.

Fishersson
08.05.14, 19:22
DNA-sukututkimuksen tilanne surullinen kuluttajan kannalta. Testejä myydään suuressa määrin ns. laiskan miehen sukututkimuksena, joka muka korvaa perinteisen sukututkimuksen. Mikä on totaalisen väärin. Tilaajat kuvittelevat tulokset lopullisena ratkaisuna eivätkä niistä ymmärrä juurikaan mitään. Perinteistä dokumentteihin perustuvaa sukututkimusta laiminlyödään. Tilaajat eivät tiedä mitään vanhimmista esivanhemmistaan. Testaaja ei tiedota ymmärrettävästi tuloksista ja niiden merkityksestä eikä varsinkaan muutoksista niin kuin on viime aikoina nähty. Pääosin tiedotus on uusien testien markkinointia ja myyntiä. Joitakin aktiivisia harrastajia kyllä on, mutta koska aktiivinen ja järjestäytynyt kuluttajaorganisaatio puuttuu, tilanne jatkuu. Testiyritys voi jatkaa entiseen tyyliin. Ainoastaan paremmin palveleva kilpaileva kaupallinen yrityskö voi muuttaa tilanteen?

Korhoant
08.05.14, 21:13
DNA-sukututkimuksen tilanne surullinen kuluttajan kannalta. Testejä myydään suuressa määrin ns. laiskan miehen sukututkimuksena, joka muka korvaa perinteisen sukututkimuksen. Mikä on totaalisen väärin. Tilaajat kuvittelevat tulokset lopullisena ratkaisuna eivätkä niistä ymmärrä juurikaan mitään. Perinteistä dokumentteihin perustuvaa sukututkimusta laiminlyödään. Tilaajat eivät tiedä mitään vanhimmista esivanhemmistaan. Testaaja ei tiedota ymmärrettävästi tuloksista ja niiden merkityksestä eikä varsinkaan muutoksista niin kuin on viime aikoina nähty. Pääosin tiedotus on uusien testien markkinointia ja myyntiä. Joitakin aktiivisia harrastajia kyllä on, mutta koska aktiivinen ja järjestäytynyt kuluttajaorganisaatio puuttuu, tilanne jatkuu. Testiyritys voi jatkaa entiseen tyyliin. Ainoastaan paremmin palveleva kilpaileva kaupallinen yrityskö voi muuttaa tilanteen?

Yhdyn täysin ajatuksiisi. Tutkimusten tulkinta on aiva ylipääsemätön ogelma tavalliselle kadun tallaajalle. Kun kielikään ei ole eds suomi.
Kuluttajaystävälisemppää tarjontaa kaipaan.
Terveisin Martti K

Jonna
11.05.14, 07:10
Jaska, mistä olet saanut tietoa näistä muutoksista? Yritin etsiä googlaamalla, mutta en löytänyt mitään. Sen huomasin, että FTDNA on tehnyt muutoksia omiin haplotyyppiryhmittelyihinsä, mutta ISOGG:n N-haploryhmän puu on ennallaan.

Fishersson
11.05.14, 14:22
Sehän tässä juuri ihmetyttääkin, että tietoa ei tunnu tulevan, vaikka FTDNA on muuttanut omaa haplopuutaan jo monta viikkoa sitten. ISOGGin muutoksista on ollut puhetta, mutta ne kai ovat viivästyneet (ehkä eivät olekaan niin itsestään selviä, että yksimielisyys olisi saavutettu). Morleyn ja YFullinkaan haplopuut eivät ole vielä muuttuneet eli "vanha" NIc1 on vielä niidenkin kuviossa mukana.

Jaska
14.05.14, 00:58
Jaska, mistä olet saanut tietoa näistä muutoksista? Yritin etsiä googlaamalla, mutta en löytänyt mitään. Sen huomasin, että FTDNA on tehnyt muutoksia omiin haplotyyppiryhmittelyihinsä, mutta ISOGG:n N-haploryhmän puu on ennallaan.
Noita aikaisempia koodimuutoksia olen joutunut opettelemaan, kun olen seurannut "meitä sivuavia" geenitutkimuksia vuosituhannen alusta lähtien. Olen huomannut myös, ettei netistä löydy kattavaa "koodiavainta" muuttuville haploryhmien nimityksille, vaan eri SNP-mutaatioihin viittaavat kulloisetkin nimet pitää kaivella eri aikojen geenitutkimuksista.

FTDNA:n uusimmasta muutoksesta en tiedä muuta kuin että selvitystä sen perusteista odotellaan... Jos sillä on vankka perusta, niin ISOGG varmaan päivittää myös puunsa sen mukaiseksi.

juhaf
14.05.14, 11:59
Olen huomannut myös, ettei netistä löydy kattavaa "koodiavainta" muuttuville haploryhmien nimityksille, vaan eri SNP-mutaatioihin viittaavat kulloisetkin nimet pitää kaivella eri aikojen geenitutkimuksista.

Minusta ruotsalainen http://dna.scangen.se/?show=tools on tässä kohtuullisen hyväkin, vaikken tiedä sen kattavuudesta tai luotettavuudesta.

Jaska
14.05.14, 13:32
Minusta ruotsalainen http://dna.scangen.se/?show=tools on tässä kohtuullisen hyväkin, vaikken tiedä sen kattavuudesta tai luotettavuudesta.
Tuohan vaikuttaa hyvältä! Ruotsiksi en olekaan tajunnut googlailla. :)
Tosin näköjään ei tuokaan näytä N1c1:tä vanhempia vaiheita (N3 ja Hg16):

år SNP = haplogrupp
2014 M46 = N1c1, P105 = N1c1, Page70 = N1c1, Tat = N1c1
2013 M46 = N1c1, P105 = N1c1, Page70 = N1c1, Tat = N1c1
2012 M46 = N1c1, P105 = N1c1, Page70 = N1c1, Tat = N1c1
2011 M178 = N1c1, P298 = N1c1
2010 M178 = N1c1, P298 = N1c1
2009 M178 = N1c1, P298 = N1c1
2008 M178 = N1c1, P298 = N1c1, P309 = N1c1
2007
2006

Mutta ainakin se pitää kartalla viime vuosien muutoksista.

Fishersson
20.05.14, 10:25
Vielä näyttää tuostakin Scangenista puuttuvan esim. uusi N-M232, jonka FTDNA on laittanut niille, joilta on vasta tutkittu vain STR-mutaatiot. Vanhojen testattujen N-M231 näyttää yleensä muuttuneen N-M178:ksi (ilman snipsin testaamistako?).

No, mutta tämähän on edelleen maallikon taivastelua, kun FTDNA ei vaivaudu mitään tiedottamaan. Suoriin kysymyksiinkin saa vain ympäripyöreitä vastauksia.